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此外,肿瘤的发生和发展非常复杂,且具有明显的个体差异,不同患者肿瘤标志物的水平会有差异,不能仅凭是否超过参考范围而进行诊断。目前肿瘤标志物在临床上主要用于肿瘤的筛查和肿瘤患者的复查、肿瘤发展程度及预后的判断、肿瘤治疗效果观察和评价等。肿瘤的诊断需结合患者的病史、临床表现、化验检查和(或)影像学检查等,综合判断后才可初步诊断,而确诊往往需要组织病理学检查。所以肿瘤标志物的检验结果并不能够确诊癌症,拿到显示肿瘤标志物升高的化验单也不用太过紧张,谨遵医嘱进行进一步排查。例如,我们描述了卵巢癌样本中原始RNA-seq数据的分析,以定义排序gene list7。对reads进行质控和过滤(例如去除低质量碱基)并比对到全基因组范围的参考转录本,以对每个转录本比对到的reads进行计数。reads计数在基因水平上汇总(对每个基因计数)。通常,可获得多个实验条件(两个或更多个,例如治疗和对照)中的每一个的多个生物学重复(三个或更多个)的RNA-seq数据。不同样品对应的每个基因的reads计数进行标准化,以去除样品之间不必要的技术性差异(例如,由于测序lane或每测序获得的总reads数的差异)26,27,28。接下来,检验每个基因的reads数是否在样品分组之间存在差异表达(例如,处理与对照)(RNA-seq和芯片数据分别对应补充流程1和2)。R包如edgeR 29,DESeq 30,LIMMA / VOOM 31,32和Cufflinks 33等,用于RNA-seq数据标准化和差异表达分析。差异基因表达分析结果包括:(i)描述差异表达显著性的 P值; (ii)相关 Q值(又称校正后的 P.值,是对所有基因的多重检验进行校正(例如,通过使用BH-FDR程序34(box3)); (iii)表达变化的效应大小和方向,上调的基因是阳性的,在列表的顶部;下调的基因是阴性的,在列表的底部,通常表示为log-transformed fold-change。然后依据一个或多个值对gene list进行排序(例如-log10 P值乘以log-transformed fold-change),进行通路富集分析研究。慈严牵手任徐行,街角传来卖卜声。亚索延迟r教学视频

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